Para que nos entendamos, un caso muy común de protocolo es "mailto:", que situado en un enlace web o hipervínculo permite enviar un correo a una persona. Seguramente al visitar hayas visto algún enlace titulado "email", ""contacto" o simplemente en un blog un enlace que pone "envíame un correo pulsando aquí". Cualdo haces clic en esos enlaces, por arte de magia se abre el programa que usemos para leer el correo (por ejemplo Outlook). Este tipo de enlaces utilizan el protocolo mailto:

Otro ejemplo son los enlaces precedidos de http: que indican que es un hipervínculo que enlazará con una página web, un fichero de texto, una imagen, etc...

Se caracterizan por ir al principio de un vínculo de internet y seguidos de dos puntos ":"

Windows Live Messenger tiene sus propios Protocol handers, que permiten interactuar con él. Todos ellos comienzan por msnim: y nos permitirán cosas tan curiosas como iniciar una conversación haciendo clic en un enlace con alguien que podemos conocer o no.
msnim:add?contact=direcciondecorreo@dominio.com es un protocol hander que permite crear un enlace que al ser pulsado agrega un contacto a nuestra lista de contactos de messenger de forma automática.
msnim:chat?contact=direcciondecorreo@dominio.com permite crear un enlace que al ser pulsado abre una ventana de conversación para hablar con la persona que utilice esa dirección de correo en su cuenta de messenger.
msnim:voice?contact=direcciondecorreo@dominio.com crea un enlace que permite iniciar una conversación de voz con la persona que use ese messenger
msnim:video?contact=direcciondecorreo@dominio.com crea un enlace que al ser pulsado inicia una videollamada con el contacto indicado.
Veamos un ejemplo práctico de cómo usar estos protocolos. Imaginemos que queremos crear en nuestro blog un enlace para que la gente nos agregue al messenger al pulsarlo y que ponga el texto "Agrégame al messenger". Para conseguirlo bastará con escribir el siguiente código html:

<a href="msnim:add?contact=mimessenger@hotmail.com">Agrégame a tu messenger</a>

El resultado sería un enlace como este: Agrégame al messenger.